История ГАС «Выборы» началась в августе 1994 года, когда был подписан Указ Президента Российской Федерации о разработке и создании системы. В 1999 году состоялись её государственные испытания, а в 2000 году она была принята в эксплуатацию.

Сегодня ГАС «Выборы» используется на выборах и референдумах всех уровней во всех регионах страны. Ежегодно она обеспечивает подготовку и проведение свыше пяти тысяч избирательных кампаний.

Указ от 28 февраля 1995 года № 227 утратил силу в связи с принятием в 2003 году Федерального закона «О Государственной автоматизированной системе «Выборы», который в полном объеме определил её статус, назначение, структуру, состав, правовую основу и основные принципы использования, эксплуатации и развития.